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2015基因测序仪市场分析

文章作者:优博时时彩平台开户发布时间:2019-09-02浏览次数:1553

2015年的下一代测序技术(NGS)取得了长期进展。技术进步使研究人员能够获得更长的阅读长度序列,生物信息学将产生更丰富的基因组信息。

根据最新的DeciBio市场报告,测序仪器市场已经达到24亿,预计到2019年将增长到45亿。临床客户是这一增长的主要推动力,研究市场是由单细胞测序推动的,群体遗传学和NGS应用。本文回顾了过去几个主要音序制造商的发展趋势,并展望了2016年。

逆转PacBio:续集音序器

在过去几年中,PacBio在RSII测序系统读取长度,通量,生物信息学分析和应用方面做了很多改进。然而,该仪器的价格高达695,000美元,其大尺寸也阻碍了它的广泛采用。

Sequel测序仪的推出标志着PacBio的逆转,与RS II系统相比,其测序吞吐量增加了7倍,价格下降了350,000美元,体积仅为1/3左右。

2015年,PacBio预计将销售10个Sequel测序仪,其中大部分销售给罗氏,而罗氏已准备好使用Sequel进行临床测序。续集还被西奈山伊坎医学院的伊坎基因组学和多尺度生物学研究所和贝勒医学院订购。

华盛顿大学基因组学教授Shendure表示,如果Sequel的表现继续提高,其低成本和长读序列优势将有助于研究人员进行更全面的突变研究。续集将有所作为。该仪器甚至提供了“铂质基因组”,他将其定义为接近人类参考基因组的质量。

英国癌症研究所基因组负责人詹姆斯哈德菲尔德说,如果PacBio继续提高装载效率并降低测序成本,它将成为真正的竞争对手。 “如果你能以5000美元的价格获得PacBio仪器的基因组,那就太棒了。”虽然这个价格仍然比Illumina的基因组测序更昂贵,但它提供了更大范围的长度和结构信息。

Roslin研究所ARK基因组中心主任Mick Watson预测,未来一年将Illumina测序仪与PacBio的Sequel测序仪配合使用将产生更多的全基因组测序结果,并对结构变异和短读长技术。较少的基因组区域,例如HLA区域,重复元件和着丝粒。此外,他补充说,由于观察结构变异的阅读时间长,“人们将开始使用Sequel对癌症基因组进行测序。”

然而,Bald研究所的Chad Nussbaum表示,Sequel的成功将取决于数据的质量,目前还没有相关数据。

牛津纳米孔:MinIon试验

Oxford Nanopore去年推出了MinIon Nanopore Sequencer早期试验计划。从那时起,该计划已经扩大,几个小组已经发表了广泛的研究,展示了MinIon在标准实验室之外协助基因组装配和微生物基因组和环境样品快速测序的潜力。

美国宇航局约翰逊航天中心的研究人员计划于2016年将MinIon带到太空,以便对国际空间站的样本进行测序。一些研究人员认为,MinIon可用于即时检测(POCT),例如,快速检测以诊断未知感染,以及对西非埃博拉病毒爆发等疾病爆发的实时分析。

牛津能否超越PacBio还有待观察。 Watson说PacBio拥有客户群和成熟的技术。 MinIon和即将到来的PromethIon仍处于开发阶段,但牛津的技术潜力巨大。

华大基因的战略变化

6月,Huada Gene推出了基于CompleteGenomics技术的高通量测序仪Revolocity。当时,Complete Genomics的首席执行官Cliff Reid表示,Revolocity每年可以测序10,000个人类基因组,相当于Illumina的HiSeq X Ten。虽然华达基因计划在2016年上半年推出Revolocity测序仪,但它提前有三个客户:荷兰奈梅亨大学医疗中心,澳大利亚健康服务公司Mater和英国癫痫协会。

但是在11月,Huada Gene放弃了测序系统的商业化。 Reid将辞去Complete Genomics的首席执行官一职,该公司的重点是台式机测序仪BGISEQ-500,计划通过中国食品药品监督管理局的认证。这是王军离开后华大基因经历的又一次重大变化。

沃森推测,Revolocity对于商业化来说可能过于复杂。

Thermo Fisher:改善服务

基于Ion Torrent技术,赛默飞世尔科技推出了一种新的NGS系统,即 Ion S5,专注于“即插即用”靶向测序。该公司还开发了基于AmpliSeq技术的靶板,特别是针对癌症领域。展望未来,有针对性的测序可能是Thermo Scientific的一个有利可图的方向,并且正在努力实现扩展Proton测序仪的目标。

DeciBio的市场报告指出,由于PII芯片面临技术困难,赛默飞世尔的市场份额有所下降。随着公司将重点从增加产量转移到改善服务临床客户的工作流程,其增长将以每年约17%的速度增长。

2016年预测

展望2016年,单细胞测序技术的进展,10X基因组学的技术潜力以及大规模测序项目产生的基因组数据令研究人员兴奋不已。

Shendure说:“捕获,分区和标记方面的技术进步非常快,可以告诉我们哪些序列来自同一个细胞。”这些技术包括10X Genomics技术,可快速分析数千个单细胞表达谱的Rapid-Seq技术,以及由Shendure Laboratories开发的CPT-seq技术,可创建数千个标记的DNA库。

哈德菲尔德讨论了单细胞基因组学,基因组定位和自动化。他说:“这些技术使我们能够构思出更复杂的实验,是我期待的下一次技术革命。”

几个临床测序项目正在进行中。 Shendure说:“监管挑战变得越来越明显。找到最合适的患者方法的最重要方法是在2016年取得进展。”

此外,Illumina仍然是NGS市场的主要参与者,但由于MiSeq和NextSeq测序仪的销售不佳,其第三季度的收益并不如预期。专家预测Illumina将在2016年进行重大创新。

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