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一种免费的开源可视化工具 可以对同源基因进行深入比较

文章作者:优博时时彩平台开户发布时间:2020-01-15浏览次数:1934

Aequatus是Earlham Institute(EI)开发的一种新型生物信息学工具,可以深入了解不同物种之间的相同线路信息,并提供一个系统,以更好地识别重要的,积极选择和进化的保守区域。脱氧核糖核酸。

一般而言,密切相关的生物体表现出高度的同质性,即它们沿着染色体具有相似的序列,其中假定具有相同功能的密切相关的基因聚集在物种之间的相似组织中。因此,许多人类基因与哺乳动物高度线性,从黑猩猩到小鼠。

研究生物之间的同源性可以帮助我们确定遗传区域如何通过进化改变并具有深远的应用 - 包括更好地了解进化和我们如何形成,帮助研究人类健康和培育更好的作物。

数据基础设施小组的Anil Thanki说:“我们对Aequatus非常兴奋,因为它提供了一种非常直观的方式来显示物种之间的同源基因.Eequatus提供了可用于表示基因组数据的最新网络技术的无缝使用。用户体验生物学家通过在基因组水平上比较它们来深入研究同源基因的细节。我们还将此资源与SMART蛋白质域信息服务器相关联,使研究人员无需切换服务即可获得相关数据。/p>

屡获殊荣的实际应用程序

除了在GigaScience上发布Aequatus工具之外,EI Davey集团的主要开发商Anil Thanki还获得了第13届中国深圳基因组学国际会议ICG-13奖提名。

Aequatus采用开源技术构建,可提供快速,直观的基于Web的浏览体验,弥合系统发育变化与遗传信息之间的差距。

Aequatus开发了一个开源JavaScript库Aequatus。 js,它保留了完整视觉应用程序的功能,但可以与其他Web应用程序集成,例如非常流行的Galaxy Bioinformatics Workflow Platform。

其中一个应用程序是最近发布的GeneSeqToFamily工具,这是一个基于Ensembl Compara GeneTrees管道的Galaxy工作流程,用于查找基因家族。 Galaxy提供了Aequatus插件,可视化从GeneSeqToFamily获得的基因家族。

一种新的,更完整的可视化工具

传统的系统发育树(家谱中共享祖先的可视化)提供线性概述,而Aequatus还提供有关基因结构变化的信息,包括对应于表型(外观)变化的变化。

使用“指导”基因作为参考,基于比对定位其他基因(序列相似性分析,或其DNA或蛋白质序列彼此接近的程度)。从开源数据库,Ensembl Compara和Ensembl Core中检索比较,并且Aequatus处理比较和特征数据,以基于共享的颜色匹配方案提供物种间的系统发育和结构变化的视觉表示。

使用Aequatus工具可视化典型的基因树。

这有助于可视化同源区域,同时还允许识别基因变化,例如插入或缺失,黑条代表与“指南”相比特定于给定基因的插入。

总体而言,Aequatus提供了一种独特的方式来探索迄今尚未实现的各种物种基因之间的复杂关系。 Aequatus不仅适用于高质量的参考基因组,包括小鼠和人类,也适用于难以组装或非模型的生物。

最新版本的Aequatus还支持Ensembl REST API,它直接从Ensembl服务器检索数据,不需要使用本地数据来提高Aequatus的可移植性。

数据基础设施集团负责人Rob Davey补充道:“很高兴看到这项工作在国际会议上发布,并且确实被选中。这表明基因组数据的可视化仍然是一个活跃且有价值的研究领域,而Aequatus确实可以帮助研究人员获得关于他们感兴趣的基因和生物的更细粒度的信息。“

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