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优雅的技巧改善了单细胞RNA测序

文章作者:优博时时彩平台开户发布时间:2020-01-16浏览次数:1826

液滴微流体技术彻底改变了单细胞RNA测序,为单细胞基因组学提供了低成本,高通量的方法。然而,这种方法在捕获完整RNA转录信息的能力方面受到限制。

康奈尔的研究人员 - 由Meinig生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck领导 - 提出了一种优雅,低成本的方法来解决这个问题。它不仅促进了单细胞基因组学的发展,也为感染和免疫生物学研究提供了新的途径。

最近,“单细胞中的多重扩增子测序和转录组分析”发表在Nature Methods上。 De Vlaminck实验室的博士后研究员Fridumita Saikia博士和博士的Philip Burnham博士。学生,是主要作者。

贝克兽医研究所助理教授Charles Denko和贝克研究所病毒学副教授John Parker也做出了贡献。

2015年,来自哈佛大学和麻省理工学院的研究人员介绍了Drop-seq,这是一种同时有效表征数千种细胞身份的方法,使用纳米级液滴并附着在每个细胞的RNA上。唯一标识符。

“这些技术非常受欢迎,因为它们降低了这些类型的分析成本并使它们民主化,使它们非常便宜并且易于为许多实验室做,”De Vlaminck说。

然而,缺点是它们仅识别某些类型的信使RNA(mRNA)分子,这限制了潜在分析的范围。信使RNA携带在翻译过程中从DNA复制的遗传信息。

De Vlaminck和他的合作者提出了对现有Drop-seq方案的简单,廉价的改进,并称他们的新方法DART-seq(通过单细胞测序的液滴辅助RNA靶向)。

在Drop-seq中,单个细胞用标记的微粒包封,其启动细胞mRNA的逆转录。 De Vlaminck团队在常规Drop-seq分析之前设计了一种酶酶定制酶的有效方法,该方法允许回收和分析比Drop-seq测序获得的更多种类的分子。

此外,该技术可识别病毒感染的细胞并量化病毒和宿主基因的表达,从而能够检测宿主对单细胞感染水平的反应。

“各种病毒可能非常多样化,这种多样性使他们能够做出非凡的事情,”伯纳姆说。 “因此,如果您可以缩小到单细胞水平,您实际上可以看到病毒的微小变化会导致细胞对这种小突变的反应发生巨大变化。”

Saikia与兽医学院有双重任命,他相信DART-seq也将有助于为治疗癌症的新途径提供信息。

“细胞癌是一个非常不同的群体,”她说。 “当你不在单细胞水平上看它们时,你经常会错过重要的信息。所以我们的技术允许它。”

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